IOM Indonesia saat ini merupakan misi IOM terbesar di seluruh dunia, yang bekerjasama secara erat dengan lembaga pemerintah nasional dan daerah, lembaga-lembaga swadaya masyarakat, organisasi kemasyarakatan, serta masyarakat donor yang lebih luas.
31 proyek baru yang dilaksanakan di tahun 2008
Anggaran sebesar lebih dari AS$76 juta di tahun 2008
Lebih dari 600 anggota staf di 26 kantor di nusantara (2008)
IOM memulai operasinya di Indonesia dengan memproses migran Vietname di Tanjung Pinang, Riau pada 1979. Serangkaian usaha berlanjut dengan penyediaan perawatan, pemeliharaan dan bantuan pemulangan sukarela bagi para pengungsi Timor Timur.
Hubungan IOM dengan pemerintah Indonesia dimulai pada 1999 ketika Indonesia resmi menjadi pengamat dalam dewan IOM. Sebuah Perjanjian Kerjasama yang ditandatangani pada 2000 mengakui Hubungan yang sangat bermanfaat antara Pemerintah dan IOM dalam meningkatkan penanganan migrasi.
Program – program IOM Indonesia telah berkembang dari sisi geografis maupun target penduduk, khususnya sejak tsunami menghantam propinsi Aceh di ujung utara pulau Sumatera pada Desember 2004. Kantor – kantor cabang kini berdiri di penjuru nusantara dengan lebih dari 600 staff bekerja dalam beragam kegiatan.