Dengan hampir 240 juta orang tersebar di kepulauan yang terbentang 5.000 kilometer dan terdiri dari 17.600 pulau, Indonesia merupakan negara penghasil, negara tujuan dan negara transit bagi migran, mengingat perbatasannya yang luas dan lemahnya sistem penanganan perbatasan dan imigrasi. Indonesia juga mengalami arus migrasi internal sebagai akibat pergerakan tenaga kerja, konflik dan bencana alam.

Membantu pemerintah menangani permasalahan yang terkait dengan migrasi merupakan salah satu misi inti dari International Organization for Migration (IOM). Bekerjasama dengan pemerintah nasional dan setempat, disamping dengan masyarakat internasional, dan sebuah jaringan luas organisasi swadaya, IOM Indonesia membantu Pemerintah Indonesia mengembangkan dan melaksanakan kebijakan, perundang-undangan dan mekanisme administrative migrasi dengan memberikan bantuan teknis dan pelatihan kepada para pejabat migrasi dan membantu para migrasi yang membutuhkannya.

Dalam rangka meningkatkan kemampuan Pemerintah untuk menerapkan strategi dan teknologi yang tepat untuk mengawasi dan menindak migrasi gelap dan menangani permasalahan penting lainnya seperti trafiking (perdagangan) manusia dan penyelundupan manusia, IOM mendukung kegiatan penguatan kapasitas di tingkat nasional maupun regional dan memberikan bantuan secara langsung kepada korban trafiking.

IOM Indonesia melaksanakan sebuah program kontra-trafiking nasional melalui kerjasama secara erat dengan badan pemerintah dan LSM lokal untuk memerangi bentuk perbudakan modern ini melalui pendekatan yang komprehensif yang mencakup pencegahan trafiking, termasuk pendidikan dan pemberdayaan masyarakat; perlindungan korban, termasuk pemulangan, pemulihan dan reintegrasi; penuntutan para pelaku trafiking, termasuk pelatihan pejabat penegak hukum; dan melalui riset.

IOM membantu upaya Pemerintah Indonesia untuk mengatur pergerakan migran gelap melalui Indonesia dan daerah pantainya. Ribuan orang telah ditangkap dan terdampar di Indonesia dalam perjalanannya ke negara seperti Australia setelah membayar uang dalam jumlah banyak ke penyelundup manusia. IOM menyediakan konseling, perawatan medis, makan dan penampungan bagi ratusan orang yang terluntang-lantung di Indonesia dan bantuan kepada mereka yang ingin pulang secara sukarela.

IOM juga membantu para pengungsi internal (IDP) setelah terjadinya bencana alam, seperti yang telah menimpa Aceh, Nias dan Yogyakarta, dan dalam situasi pasca-konflik. IOM Indonesia telah mengembangkan sebuah pendekatan yang komprehensif, menyediakan dukungan transportasi dan logistik, membangun ribuan rumah dan sekolah, merevitalisasi layanan kesehatan masyarakat, melatih para petugas kesehatan, memberikan layanan bantuan mata pencaharian dan reintegrasi bagi ribuan mantan tahanan politik dan kombatan, dan ratusan masyarakat yang terkena dampak konflik. di Aceh, pendekatan IOM terbukti berhasil dalam membantu pembangunan kembali masyarakat dan merupakan keberhasilan utama IOM di Indonesia.

Komitmen IOM untuk meningkatkan kualitas layanan yang diberikan oleh badan-badan pemerintahan juga tercermin dalam program enam tahun nya untuk mendukung upaya pemerintah mereformasi Kepolisian Republik Indonesia (Polri). IOM memfasilitasi pelatihan di bidang HAM dan perpolisian masyarakat (Polmas), dan membantu mendirikan forum dimana para anggota Polri dan masyarakat secara bersama-sama mencari solusi terhadap permasalahan-permasalahan yang berkaitan dengan penegakan hukum.